Die ZGKJPP hat eine Vereinsstruktur mit einem Vorstand von aktuell 6 Mitgliedern.

Einmal jährlich - jeweils im März - findet die Generalversammlung statt, zu der alle ordentlichen und ausserordentlichen Mitglieder schriftlich eingeladen werden, sowie diejenigen, die im laufenden Jahr ein Beitrittsgesuch gestellt haben.

Zusätzlich zur Generalversammlung organisieren wir die "Informellen Treffen". Diese finden in der Regel zweimal jährlich statt. Die Daten werden an der Generalversammlung bekannt gegeben. Am Informellen Treffen  informiert der Vorstand über aktuelle Themen. Daneben dient das Informelle Treffen für den Gedankenaustausch zu aktuellen beruflichen Fragen von allgemeinem Interesse. Bis vor wenigen Jahren fanden die Informellen Treffen in der Regel in der Praxis eines Mitgliedes statt. Inzwischen zählt die ZGKJPP soviele Mitglieder, dass dies nicht mehr möglich ist. Es wird auf öffentliche oder private Lokale ausgewichen. Der Veranstaltungsort variert und wird rechtzeitig angekündigt.  Von den Iinformellen Treffen wird ein Protokoll erstellt, das an alle Mitglieder der ZGKJPP versandt wird. Die ZGKJPP organisiert Forbildungsveranstaltungen, für welche von der Fachgesellschaft anerkannte Credits vergeben werden (Kernfortbildung Kinder-/Jugendpsychiatrie und Psychotherapie). Alle Mitglieder werden jeweils eingeladen. Mitteilungen, Einladungen und Protokollversand erfolgen in der Regel ausschliesslich per E-Mail.